Après des années à l'écart du monde des humains, voici les frères Tortues prêts à conquérir le coeur des New-Yorkais et à être reconnus comme des ados à part entière grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie April O'Neil les aidera à affronter un mystérieux réseau criminel, mais ils seront bientôt envahis par une armée de mutants lâchée contre eux.